本学会は大正9年に本学部の前身である東洋歯科医学校の同窓会が結成され，その第1回総会と共に学術講演会が開かれた事に始まります。その後，月例で「東洋歯科臨牀集談会」として学術講演が継続されました。同時に「東洋歯科月報」が同窓会雑誌として発行され，多くの研究論文が掲載されました。大正11年に日本大学専門部歯科となったことを受け，昭和2年に「東洋歯科月報」は「歯科月報」に改題されました。
さらに昭和4年には日本大学歯科校友会，日本大学歯科医学士会総会において，「日本大学歯科医学会」の創設が議決され，春に総会と学術会の開催，地方では随時例会として学術講演会を開催することが会則に定められました。
昭和24年に「日本大学歯学会」と改称し，太平洋戦争により中断した活動を再開しました。「歯科月報」は昭和39年に月刊から隔月刊となり「日大歯学」と改題されました。松戸歯学部の設立を期に，昭和47年からは春の歯学会総会を歯学部で，秋に歯学会大会を松戸歯学部で開催することになりました。
平成13年に松戸歯学部に「日本大学口腔科学会」が設立されたことを期に，本会の会則を改正しました。平成14年から学術大会は，年1回，歯学部で開催することになりました。
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